代谢组学技术在中药研究中的应用主要体现在以下几个方面：
1. 中药成分分析与质量控制
基本材料评定费：新陈消化吸收组学技巧要对中要中的普通机械基本材料实施局面剖析，评定费出草药中的催化活性氧基本材料。比如，灵活运用为质谱（MS）的新陈消化吸收组学技巧，就可评定费出红参中的红参皂苷等催化活性氧基本材料。此种技巧还就可区别药用价值价值和非药用价值价值有些的普通机械标示物，为中要的性能控制给出按照。
效率管理掌控：采用产生组学能力，能够 对中药茶方材的效率管理借助开展和掌控。假如，灵活运用动观赏植物产生组学概述，能够 规划设计重视类痛风性髋风湿关节炎的中药茶方材电学物质的效率管理标上的按量形式。另外，产生组学还能够 辨认中药茶方材中的致毒电学物质还有其致毒管理机制，如采用UPLC-Q-TOF-MS研究分析，鉴别各个乌头动观赏植物的电学电学物质，并辨认享有镇疼活力和急性膀胱致毒的海洋生物碱。
2. 中药药效机制研究
的功效靶点正常辨识：基础代谢组学方法能够 让正常辨识中药配方生物材料的碳原子靶点。列如 ，深入分析发觉雷公藤红素可在设定Treg/TH1和Treg/Th17发展、阻隔NF-κB环路等机理更好地发挥消除炎症的功效。
目的长效系统阐明：分解基础基础排泄组学水平就能论述中药才材中药才治疗肠道疾病的目的长效系统。举个例子，探究发现了青蒿素耐药性与疟原虫的线粒体分解基础基础排泄转变有关系的，非靶点分解基础基础排泄组学论述了与该过程中有关系的分解基础基础排泄物转变。不但，分解基础基础排泄组学还都可以采用深入分析分解基础基础排泄物的转变，探究中药才材复方的目的长效系统。
3. 中药安全性评价
毒素规则论述：消化吸收组学技術可以用来论述中成药的毒素规则。举个例子，进行消化吸收组学和16S rDNA测序的优势互补研究，论述了清益汤对病情比较重的时候亚发生急性胰腺炎涉及到亚发生急性肺影响的庇护规则，并敲定了铁沉着冷静、一定的差异消化吸收物和微动物菌群之中的影响。
卫生性鉴定：分解代谢组学高技术还不错用在成药的卫生性鉴定，辨认风险的致毒物质和致毒靶点，然而为成药的卫生选用给予小学科学法律规定。
4. 中医证候研究
证候涉及到细胞分解分解物理论研究：细胞分解分解组学枝术就可以用在定量分析与国医证候涉及到的内源性细胞分解分解物变现，輔助国医证候的检验和调控。列如，用细胞分解分解组学理论研究，已在冠相思病爱美者中亲子鉴定出与痰瘀证和气流阴两虚证涉及到的生物技术标志牌物。
证候行为矫正钻研：细胞代谢转化组学技艺还会使用在钻研中草药对中医学证候的行为矫正特效。举例说明，按照细胞代谢转化组学技艺及聚类定量分析法定量分析法，得知“黄芪-茯苓-泽泻”等连接用药选用适使用在肾病综和征的新组方用药，才可以对好几种肾病综和征涉及到的的生物工程象征物呈现后果。
5. 多组学技术整合应用
几组学资源共享：分解代谢组学与各种组学的技术（如dna组学、转录组学、淀粉酶质组学等）的资源共享拜谱生物领域，为中医探究给予半个个多空间维度的解析三层架构。在这种资源共享拜谱生物领域不只加剧了我们大家对中医产物在分子式这方面上对人体健康生理性和疾病模式的影响力，并且为表明中医的角色考核机制和效果产物基本给予了强强劲的方式。
消化道问题疗法规则：两组学水平可不可以适用于研究方案草药疗法消化道问题的碳原子规则。举例，借助蛋清质组学和分泌组学的联和适用，揭露了与中医妇科分类整理的膝骨节骨性骨节炎紧密相关的的不同之处抒发蛋清和分泌通道。
新陈代谢组学技巧在草药方理论研究中的操作，为草药方的如今化和会员精准营销医疗保障出示了很重要的专业使用，促使推动草药方的细则化和知名化进展。