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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已呈现出很广的生物技术生物，例如抗恶性肿瘤和身体毒帮助。一般，三萜是使用甲羟戊酸方法组成的，并从天然的草本植物和真菌感染中截取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表论文题目了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的钻研方案论文题目。该钻研方案出现三萜类有机物虫草酸（GA）是用液滴激发的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物有效的转化造成的。顺利通过转录组和核脂肪酸组学枝术进一大步打磨无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT造成这两种野生灵芝粉酸（GA）的管理机制，并利用两组学枝术查测到的不同染色体和不同核蛋清，猜测DHT 怪物生成 GA 的经由。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和系统区分

用对无柄虫草白色念珠菌菌丝体实现转录组测序共取到67230个转录本和14294个单表观遗传。在那些单表观遗传中，49俩个被技术鉴定为相互影响表明表观遗传（DEGs），里面213个表明上涨，279个表明降低（图1A）。GO聚集定量进行分析后，DEGs可分为动物时（BP）、受损细胞膜材料（CC）和原子能力（MF）3类。在BP分类中，会出现了前六个子分类：消炎药拆解消化吸收时，冰醋酸盐消化吸收时和甲酸盐消化吸收时;而在CC分类中，受损细胞膜外区、突触结合体、突触设计是前六个亚类。这对于MF分类，甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶、阳极氧化替换酶几丁质酶和酸氨（或酰胺）联系酶几丁质酶是前六个亚分类（图1B）。在DEGs的KEGG4g信号环路定量进行分析中，前30条聚集度最高的人的4g信号环路含有27条类属消化吸收，里面二氧化氮消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐消化吸收、丙酸盐消化吸收4g信号4g信号环路同质性聚集（图1D）。

图1|转录成分析和技能分为

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

经由对无柄野生灵芝病菌菌丝体展开淀粉酶质组学统计数据剖析，共要敲定了16,457种个性肽、2606种淀粉酶质和2588种化学发光法淀粉酶质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的选择状态下，于这2606种淀粉酶质中，94种被亲子鉴定为对比剖析形容爱淀粉酶（DEPs），在这在这其中52种调整，42种变动（图2A），图2C界面界面出现了对比剖析形容爱淀粉酶的聚类剖析统计数据剖析热图。从GO统计数据剖析了解，BP品类界面界面出现，绝大部分数DEPs直接参与冰醋酸盐实现分解人体体肿瘤组织消化吸收转化进程、抗菌素实现实现分解实现分解人体体肿瘤组织消化吸收转化进程和口服药实现实现分解实现分解人体体肿瘤组织消化吸收转化进程。CC类DEPs在人体体肿瘤组织外区、过腐蚀物酶体和微体中占比率最快，腐蚀还原故宫场景酶微生物体酶类和甲酸脱氢酶（NAD）微生物体酶类在MF类中DEPs的比率最快（图2B）。与转录组结杲相似性，KEGG径路统计数据剖析界面界面出现，大多DEPs在实现分解人体体肿瘤组织消化吸收转化中丰度，在这在这其中3条最丰度的方法是光合微生物体中的碳固定的、碳实现分解人体体肿瘤组织消化吸收转化和MAPK信息径路（图2D）。前者，经由统计数据剖析GO统计数据库文件的CC对DEPs展开亚人体体肿瘤组织阐述统计数据剖析和标注（图2E），DEPs大部分规划在人体体肿瘤组织质（40.66%）、人体体肿瘤组织膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论与实践上是GAs微生物体提炼的大部分具体位置。

图2|淀粉酶质组的酶联免疫法分折和功能键查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物被转化和比对组得票数DEGs和DEPs加工制作了维恩图，有20个异同表示遗传染色体组（图3A）。对转录组和球营养物质组中E组和C组各有的DEGs/DEPs确定聚类分折一下法分折一下，发现mRNA和球营养物质直接有19个调整遗传染色体组和9个降低遗传染色体组，DEGs两者翻泽的DEPs表示品质呈正涉及到的，特征提取Pearson的涉及到的指数分折一下，在转录组和球营养物质组直接检侧到相对的较高的涉及到的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）加测后果显视，E组和C组15个DEGs的展示平行性别差异相关性，中仅9个为调整DEGs，1个为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展示动向与转录混合物析后果不一样。

图3|蛋清质组的降钙素原检测探讨和效果校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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