在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

实验报告单

1、从光敏培养出来細胞中抽取DNA交连蛋清质

因为分离法光热塑蛋清质-DNA符合物采用LC-MS解析，小编发掘了一大种男变女纯化解决方案，可从DNA中避开非说热塑蛋清质，仅在光照时按照随时刺绣体组使用生物富集DNA热塑蛋清质。用TRIZOL分离出刺绣质并避开执行死刑获的非热塑蛋清，进而将其从新融掉以来进行RNase消化不良系统。按照彩超、剪切个人所得蛋清质热塑DNA的分离出物，在硫氰酸胍中烧开男变女，并在二钝化硅离心分离柱上激动洗涤剂以避开非说热塑蛋清质就此完成任务。按照核酸酶治理 从DNA中发出光热塑蛋清，并来进行胰蛋清酶消化不良系统采用LC-MS解析。该方式命名为为蛋清质热塑DNA分离出或XDNAX。

图1.核蛋白质含量热塑DNA拆分或XDNAX步骤图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可间接交往DNA的蛋清质图谱

将光化学交联步骤用途于MCF7神经元，察觉了1,805种备选血清，其中的1,191种存在着于3个或更加多次重新中。60%的DNA相互之间做用组有点核酸融合的GO注音，在存在核酸融合注音的血清质中，最多的贡献度存在核纤层血清，次之是加入固色质策划 和神经元分列的血清质（图2）。

图2 . 可一直学习 DNA 的蛋白酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3小结了DNA充分用途组所暗含的蛋清质-DNA网页及含有的核苷酸交连肽。这诸如致使（1）球状DNA融合设备构造域、（2）DNA 融合无章区（IDR）和（3）致使与各种蛋清质（诸如组蛋清融合蛋清）、RNA（诸如剪接要素）或相分开区室（诸如核仁蛋清）充分用途而会导致的场景介于。

图3 . 可会直接了解 DNA的节构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、参考值上皮细胞扰动的时候与DNA整合的转录成分

雌的性雄激素肾上腺素受体α（ESR1）驻进到胞质溶胶中，昨天问题其配体，捕获易位到血人体人体细胞，在东京它与dna组中的单一区域性配合以激话单一的转录软件程序。将血清饥饿的MCF7血人体人体细胞暴晒于高极量雌的性雄激素（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模拟训练解决的比血人体人体细胞非常它们之间的DNA互为帮助组（图4A）。里面，雌的性雄激素的刺激后DNA互为帮助组中的ESR1不断增加了30倍（图4B）。总的整体来说，在1,814个参考值的蛋清质-DNA互为帮助中，约有9%体现出超出2倍的显著性变现，并查看到与ESR1具备互为帮助的蛋清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌雌二醇除理乳腺纤维癌神经元 DNA 充分意义组的定量分析相对较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人总结

探索進入人类DNA组的营养物质质以掌握它是怎么被写入并付诸现实的，一种是科技创新员另一个经常性的追求理想。人类DNA组可及性大部分以DNA为服务中心的角度看做出探索，显然，到现今说不定，印染质疑胶中的哪些地方营养物质质与DNA 再次发生物理学充分影响尚不清理。用零时间光化学交联，可显示DNA充分影响组中的基本上数营养物质质，XDNAX科技将用作营养物质质-DNA充分影响探索的庞大辅助工具。

拜谱个人总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋白质组学、突显组学、分泌组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

对比文献资料：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.