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Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化表达是一种种更重要的当地翻译后表达,SUMO分子式在在E1碱化酶、E2紧密结合起来酶和E3相连酶的参于下共价紧密结合起来知乎问答物球蛋白质质酶赖氨酸残基上,在设定植被成长、营养健康无线信号心脏传导系统和胁迫症状中起着更重要影响。SUMO化球蛋白质质酶和SUMO表达的时候中有关于酶的缺损总会引起植被成长异常处理以至于死掉,这表达SUMO化表达在调接植被成长头发育成熟的时候中起着层面影响。在当下在植被中被鉴定会结论出的SUMO化球蛋白质质酶数据较少,以及SUMO 化在植被中的丰度较低且动态信息性较高,以至于鉴定会结论SUMO化球蛋白质质酶和 SUMO化位点是二十五分具探索性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程客座教授(拜谱生态学协议科学性家)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以组建一个多种三步赖氨酸缺少SUMO生物富集技术,搭建了最顶配的动植物SUMO化蛋清质组sql语句库,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

英语翻译大题目:Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

中文翻译主题:拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

发布学术期刊:Nature Plants

影响到细胞因子:15.8

实验一个构想

图1科研一个构想图

深入分析报告

01、拟南芥K0-SUMO1蛋清质成分析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,我进几步能够系统优化的几步亲和含有技术做出质谱了解,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化遮盖淀粉酶质组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化呈现蛋白酶和位点的校验

因为验正暗藏的SUMO1血清,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并使用了休外实验室。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以查验SUMO化表达位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化血清和位点的身体确认(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热触及球膳食纤维组的按量是比较

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT淀粉酶质组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 源于TMT的按量高蛋白质组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

拜谱总结

本研究从淀粉酶质组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以设立另外一种快速度更高一些的SUMO化淀粉酶纯化和质谱检查测量的办法。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热释放淀粉酶化学发光法比效表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化体现核膳食纤维组当做我方地方特色体现產品,采取有效率的生物富集技术水平、尖部的Astral议器可完成SUMO化核淀粉酶和位点的优产品品质检测。此外,王鹏程先生对于拜谱教授团的人,在厂品研发团队操作过程中为公司带来职业建议大家和免费指导,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

参看文献:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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